रुग्णालयाचे डायरेक्टर अरविंद भोर यांनी दिलेल्या माहितीनुसार, पूजा यांनी २००७ साली प्रवेश घेतला होता. त्यांना सीईटीच्या माध्यमातून प्रवेश मिळाला होता. तेव्हा पूजा खेडकर यांनी काही आरक्षणाचे प्रमाणपत्र दिले होते. त्यांनी जातीचे प्रमाणपत्र, जात वैधता आणि नॉन क्रीमी लेयरचे प्रमाणपत्र दिले होते. यासह पूजा खेडकर यांनी मेडिकल फिटनेस प्रमाणपत्र दिले होते ज्यात कोणत्याही प्रकारच्या दिव्यांग असल्याचा उल्लेख नाही.
पूजा खेडकर यांच्यावर आरोप आहे की, भारतीय प्रशासकीय सेवेत निवड होण्यासाठी त्यांनी दिव्यांग आणि ओबीसी कोट्याचा गैरवापर केला. दुसऱ्या बाजूला पूजा खेडकर यांच्या वडिलांनी आपल्या मुलीने काहीही बेकायदेशीर केले नसल्याचा दावा केलाय. पूजा यांच्या वडिलांनी लोकसभा निवडणुक लढवली होती ज्यात त्यांनी एकूण संपत्ती ४० कोटी रुपये असल्याचे सांगितले होते.
याआधी अहमदनगर जिल्हा रुग्णालयातील अधिकाऱ्यांनी सांगितले होते की, रुग्णालयाने प्रशिक्षणार्थी आयएएस अधिकारी पूजा खेडकर यांना दोन वेळा दिव्यांग प्रमाणपत्र दिले होते. रुग्णालयाने त्यांनना २०१८ आणि २०२१ अशा दोन वेळेला प्रमाणपत्र दिले होते. दोन्ही वेळेला प्रमाणपत्र देणाऱ्या समित्या वेगवेगळ्या होत्या. जिल्हा सिव्हिल सर्जन डॉ. संजय घोगरे यांनी दिलेल्या माहितीनुसार, एका समितीने २५ एप्रिल २०२८ रोजी दृष्टी कमी असल्याचे पहिले दिव्यांग प्रमाणपत्र दिले होते. तर १९ जानेवारी २०२१ रोजी दिव्यांग असल्याचे दुसरे प्रमाणपत्र दिले होते. दुसऱ्या प्रमाणपत्रात दृष्टी कमी आणि मानसिक आजार अशा दोन्हींचा उल्लेख आहे. घोगरे म्हणाले की, पूजा यांनी केलेल्या अर्जाची सत्यता तपासण्यासाठी २ ते ३ जणांची समिती नियुक्त केली होती.