पोलिसांनी न्यायालयात दाखल केलेल्या आरोपपत्रानुसार, २४ वर्षीय शीनाची एप्रिल-२०१२मध्ये हत्या झाली, मात्र ती २०१५मध्ये उघडकीस आली. पेण पोलिसांना एप्रिल-२०१२मध्ये अज्ञात व्यक्तीचे हाडे व अवशेष सापडले होते. मात्र, त्या प्रकरणाचा पोलिसांना छडा लावता आला नव्हता. नंतर सन २०१५मध्ये शीनाची आई इंद्राणी मुखर्जी हिचा वाहनचालक श्यामवर राय याला अन्य एका प्रकरणात अटक झाल्यानंतर त्याच्या चौकशीदरम्यान शीनाच्या हत्येचा प्रकार उघडकीस आला होता. तसेच शीनाची हत्या करून तिचा मृतदेह पेणमधील त्याच ठिकाणी जाळण्याचा प्रयत्न झाला होता, असे मुंबई पोलिसांच्या तपासात समोर आले होते. या प्रकरणाचा तपास नंतर सीबीआयकडे गेला.
पेण पोलिसांनी २०१२मध्ये हस्तगत केलेल्या हाडांची तपासणी जे.जे. रुग्णालयातील न्यायसहायक महिला तज्ज्ञ डॉक्टरने केली होती. त्यामुळे त्या डॉक्टरची साक्ष सध्या सरकारी पक्षाकडून न्यायालयात नोंदवली जात आहे. यापूर्वी त्या डॉक्टरची साक्ष नोंदवण्यापूर्वी शीनाचे हस्तगत केलेले अवशेष न्यायालयात सादर करण्यासाठी अवधी देण्याची विनंती सरकारी पक्षाने केली होती. मात्र, बराच शोध घेऊनही त्या अवशेषांचा थांगपत्ता लागत नसल्याची माहिती विशेष सरकारी वकील सी.जे. नांदोडे यांनी गुरुवारच्या सुनावणीत न्यायालयात दिली. तसेच डॉक्टर साक्षीदाराला ते संबंधित हस्तगत केलेले साहित्य न दाखवताच साक्ष नोंदवण्याची सरकारी पक्षाची तयारी असल्याचेही त्यांनी न्यायालयाला सांगितले. त्याबाबत हरकत आहे का, अशी विचारणा न्यायालयाने आरोपींच्या वकिलांना असता, त्यांनी नकारार्थी उत्तर दिले. त्यामुळे न्यायालयाने आता खटल्याची सुनावणी २७ जून रोजी ठेवत तेव्हा डॉक्टर साक्षीदाराची साक्ष नोंदवण्यास परवानगी दिली.